Ich hab unter Ubuntu eine Anwendung entdeckt, die ich sehr nützlich finde. Sie nennt sich AllTray. Mit dieser kann man jede Anwendung ohne natives Tray-Icon in das System-Tray andocken. Wenn man dann den Schließen-Button der Anwendung benutzt, wird die Anwendung in das System-Tray minimiert.
Die Software soll sehr gut mit Gnome und KDE funktionieren und eingeschränkt unter XFCE, Fluxbox und Windowmaker.
Mehr Infos zur Software auf der Homepage: http://alltray.sourceforge.net/