Als erstes löscht man seinen alten Minecraftordner in ~/.minecraft. Je nach Geschmack macht man vorher ein Backup. Wenn man Minecraft hinter einem Proxy ohne Authentifizierung nutzen will, so startet man es so:

java -Dhttp.proxyHost=HOST -Dhttp.proxyPort=PORT -Dhttps.proxyHost=HOST -Dhttps.proxyPort=PORT -Xmx800m -jar opt/minecraft/minecraft.jar

Wichtig ist der HTTPS Proxy, da Minecraft in den neueren Versionen nun HTTPS nutzt.