Ich hatte bis eben das Problem, dass nach dem Öffnen von Skype kein Icon mehr im Tray war. Da ich mit vielen Desktops arbeite, bekomm ich ohne dieses Icon ja nicht mit, wenn jemand schreibt. Nach kurzer Suche war die Lösung gefunden: Zu einem Panel muss einfach ein Benachrichtigungsfeld hinzugefügt werden et voila das Skype Icon (und das Networkmanager-Applet) ist wieder zu sehen.
Ich hab unter Ubuntu eine Anwendung entdeckt, die ich sehr nützlich finde. Sie nennt sich AllTray. Mit dieser kann man jede Anwendung ohne natives Tray-Icon in das System-Tray andocken. Wenn man dann den Schließen-Button der Anwendung benutzt, wird die Anwendung in das System-Tray minimiert. Die Software soll sehr gut mit Gnome und KDE funktionieren und eingeschränkt unter XFCE, Fluxbox und Windowmaker. Mehr Infos zur Software auf der Homepage: http://alltray.sourceforge.net/