Ich hatte bis eben das Problem, dass nach dem Öffnen von Skype kein Icon mehr im Tray war. Da ich mit vielen Desktops arbeite, bekomm ich ohne dieses Icon ja nicht mit, wenn jemand schreibt. Nach kurzer Suche war die Lösung gefunden: Zu einem Panel muss einfach ein Benachrichtigungsfeld hinzugefügt werden et voila das Skype Icon (und das Networkmanager-Applet) ist wieder zu sehen.